生物多样性是复杂的，不同的角度看到的东西是不一样的。 为了量化这种特性，发明了各种测量和评估方法。 谱系多样性就是其中一种。其已经在保护生物学和群落生态研究中大量应用。

如谱系多样性指数（phylogenetic diversity，PD）在预测湿地群落对某入侵种的耐受度时要优于物种丰富度指数（species richness， SR）

一般地，生物多样性简单的讲来就是研究生物的数量和差异，不同生境的物种数量多少有没有差异，不同物种之间的数量组成差异大不大。这些都是关于物种丰富度（richness）以及均匀度的统计。

随着一个生境里面物种多度（abundance）的增加，丰富度和均匀度等传统的生物多样性指数通常也会随之增加。

比如生态学研究中经常用到的物种累积曲线，你会发现随着多度的增加物种的多样性（通常用丰富度richness来表示）也会增加。这个曲线你会发现一般都是不断增长的，不过是后来增长缓慢了，但是并没有停止增长。也就是说只要增加采样的个体，一般来说物种数量也会缓慢增长。后期的增加可能是那些不容易被发现的物种进入了统计，或者说随着你采集的样本数变多，越来越多的稀有种被发现了。

接下里让我们换个角度看问题：

传统的生物多样性指数考虑的是物种的数量和组成差异，但是我们也很容易注意到物种和物种是不同的，有些物种的亲缘关系更近，有些则较远。

设想，A B两座山，都是500个生物。

下面我们用R中的BiodiversityR包来计算香浓多样性指数和均匀度指数来观察一下有无区别：